Сергей Пускепалис известен своим поклонникам не только как талантливый актёр, но и в другой важной ипостаси — верного мужа и любящего отца. Сейчас Сергей очень счастлив со своей супругой, поэтому избегает вопросов о первом браке и считает его серьёзной ошибкой в своей жизни.
В первый раз Сергей Пускепалис женился ещё в студенчестве на Эльвире Данилиной. Свадьбу сыграли в театральном училище, было очень весело и шумно — как и бывает в среде творческой молодёжи. Свою женитьбу с Эльвирой Сергей объясняет неким наваждением, якобы серьёзных чувств к этой женщине у него изначально не было. Именно поэтому актёр не желает озвучивать причин размолвки и вообще не комментирует его брак с Эльвирой.
При этом сама Эльвира Данилина охотно общается с прессой и рассказывает журналистам о своей жизни с Пускепалисом. Эльвира считает, что тогда им с Сергеем не хватило мудрости и жизненного опыта, чтобы сохранить семью, поэтому не сложилось ни брака, ни творческого тандема — супруги работали на разных сценах. Сейчас Эльвира Данилина является ведущей актрисой драмы и педагогом по актёрскому мастерству.
Сейчас Сергей Пускепалис женат на Елене — женщине, весьма далёкой от мира шоу-бизнеса. Свадьба состоялась в 1991 году, а через 2 года у пары родился сын Глеб. С рождением сына Сергей решил попробовать себя в роли актёра, а до этого он занимался исключительно режиссурой спектаклей. В 9 лет маленький Глеб снимался в фильме «Коктебель», и тогда режиссер кинокартины Алексей Погребенский отметил Пускепалиса-старшего и утвердил его на главную роль в фильме»Простые вещи». Глеб тоже не остановился на достигнутом: молодой человек пошёл по стопам отца и посвятил свою жизнь съёмкам в фильмах.
Несмотря на постоянную работу в Москве, своей малой родиной Сергей считает Железноводск, где он всегда отдыхает от трудовых будней, а также приходит на могилу к родителям. По словам Сергея, его супруга Елена — не только хорошая жена, но и близкий человек, надёжный друг, понимающий и всегда готовый поддержать. Елена всегда ездила вместе с ним на гастроли. По роду профессии Елена — гидрогеолог, и раньше семье приходилось часто менять место жительства из-за специфики её работы, но сейчас Елена трудится преимущественно из дома.
Елена посещает вместе с Сергеем все мероприятия: вечеринки, спектакли, презентации. Но самое любимое место у супругов, где они всегда могут отдохнуть душой — это Железноводск. Там супруги любят собирать гостей, непринуждённо общаться за большим столом. В этом городе у Сергея также есть действующий бизнес — ресторан «ГСМ».
Актёр очень доволен своей семейной жизнью и ни дня не пожалел о том, что связал свою судьбу с Еленой. Вместе супруги воспитали прекрасного сына, и сейчас у них много общего: увлечения, цели в жизни. Несмотря на то, что Елена не связана по роду деятельности с шоу-бизнесом, она всегда поддерживает супруга и готова всегда быть рядом, при любых, даже самых сложных обстоятельствах, и Сергей уверен в ней, как в надёжном и преданном друге.